Në vitin 2003, u zbatua faza e dytë e projektit të investimit, e cila kishte të bënte me zgjerimin e kapaciteteve. Ky zgjerim përfshinte gjashtë enë të reja për fermentim, pajisje shtesë në njësinë për të zirë ëmbëlsinë e birrës dhe paketim shtesë të ri.

Në vitin 2007, Birraria e Prilepit kreu një rikonstruksion të plotë, zgjerim dhe automatizim të plotë të njësitë për “vendin ku zien birra”, me qëllim ruajtjen e cilësisë së produktit të saj, por edhe për t’iu përgjigjur kërkesës për praninë e saj të përhershme në treg. Në fillim të vitit 2009, 16 tanke cilindrike-konike u siguruan me një kapacitet të përgjithshëm deri në 500.000 hektolitra për të vendosur birrën gjatë stabilizimit dhe maturimit të saj në procesin e prodhimit. Në këtë mënyrë, rritet edhe kapaciteti i bodrumit veror, që do të thotë mundësia e rritjes së prodhimit me cilësi të lartë standarde.

Në vitin 2011, Birraria investoi në filtrimin pa acid. Me këtë investim, Birraria është bërë një nga tre në Evropë dhe e vetmja në rajon që zotëron këtë pajisje, e cila mbron mjedisin jetësor – nuk ka mbeturina pas filtrimit. Gjegjësisht, filtrat e membranës vendosen ku përpunohen grimcat e imëta të majave dhe sedimenteve të proteinave. Mënyra e re e filtrimit gjithashtu lejon stabilizimin e vazhdueshëm të birrës për të zvogëluar përbërësit që ndikojnë në hidhësinë e birrës, duke rezultuar në hidhësi të pastër. Investimi përfaqëson përfundimin e të gjithë procesit të prodhimit të birrës, plotësisht të automatizuar dhe të kompjuterizuar.

Në vitin 2013, 7.5 milionë euro u investuan në një linjë të re për mbushjen e birrës dhe pijeve të gazuara në paketimin e qelqit. Ky është investimi më i madh në Birrarinë e Prilepit në një vit. Investimi i ri është një linjë për mbushjen e pijeve në paketimin e qelqit të përbërë nga 15 makina të prokuruara nga kompania më e famshme e llojit të saj – Krones nga Gjermania. Ky është lloji i vetëm i pajisjeve në Maqedoni. Me këtë investim, përafërsisht 30 milionë euro janë investuar në dhjetë vitet e fundit në Birrarinë e Prilepit, kryesisht në pajisje për filtrimin dhe stabilizimin e birrës ose të njohura si filtrim i pa acid, pajisje për trajtimin e ujit, për qëndrimin, maturimin dhe stabilizimin e birrës, investime në produkte të reja dhe më shumë.