Во 2003 година е спроведена втората фаза од инвестицискиот проект, која се однесуваше на проширување на капацитетот. Тоа проширување подразбираше шест нови садови за ферментирање, дополнителна опрема во одделението за варење на пивскиот слад и дополнителна нова амбалажа.

Во 2007 година, Прилепска Пиварница изврши целосна реконструкција, проширување и целосна автоматизација на одделението „варилница на пиво“, се со цел да го одржи квалитетот на својот производ, но и да одговори на барањето за негова постојана присутност на пазарот. Во почетокот на 2009 година беа набавени 16 цилиндрично-конусни танкови со вкупен капацитет до 500.000 хектолитри за сместување на пивото во периодот на негова стабилизација и матурација во процесот на производство. На таков начин се зголемува и капацитетот на летниот подрум, што значи можност за зголемено производство и тоа со стандардно висок квалитет.

Во 2011 година, Пиварницата инвестира во безкиселгурна филтрација. Со оваа инвестиција, Пиварницата стана една од трите во Европа и единствена во регионот што ја поседува оваа опрема, со која се заштитува животната средина – по филтрацијата нема отпад. Имено,  поставени се мембрански филтри каде се преработуваат фините честички на квасец и протеинскиот талог. Новиот начин на филтрација дозволува и постојана стабилизација на пивото, за намалување на состојките кои влијаат на горчината на пивото, со што се добива чиста горчина. Инвестицијата претставува заокружување на целиот процес за производство на пиво, комплетно автоматизиран и компјутеризиран.

Во 2013 година, 7.5 милиони евра се инвестирани во нова линија за полнење на пиво и газирани пијалаци во стаклена амбалажа. Ова е досега најголемата инвестиција во Прилепска Пиварница за една година. Новата инвестиција е линија за полнење пијалаци во стаклена амбалажа составена од 15 машини набавени од најпознатата компанија од ваков тип – Кронес од Германија. Ова е единствена од ваков тип опрема во Македонија. Со оваа инвестиција приближно 30-тина милиони евра се инвестирани во последниве десетина години во Прилепска Пиварница и тоа пред се во опрема за филтрација и стабилизација на пиво или позната како бескиселгурна филтрација, опрема за обработка на вода, за одлежување, матурација и стабилизација на пивото, инвестиции во нови производи и друго.